南通市中医院始建于1956年，是首批“三级甲等中医院”和“全国示范中医院”之一，南京中医药大学南通附属医院。先后获得“全国红旗单位”“全国医药卫生先进集体”“国家中医药管理局创先争优先进集体”“中国医院科学抗疫医学人文典范团队”“省、市文明单位”“江苏省抗非先进集体”“江苏省五一劳动奖状”“全省卫生健康系统先进集体”“江苏省院务公开先进集体”“省、市医院管理年活动先进单位”“南通市先进基层党组织”“南通市服务经济建设最佳单位”“南通市十佳医院”“无红包医院”等称号。

       医院科室设置齐全，人才济济，设备先进，专科特色显著。共有一级临床科室21个，医技科室6个，二级临床科室12个，病区15个，编制床位1500张。医院现有职工1287人，具有高级职称者373人，硕博士271人。有全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师3人、国务院特贴专家4人、江苏省名中医8人、江苏省老中医药专家学术经验继承工作指导老师4人、南通市名中医27人，全国名老中医药专家学术经验继承人18人，江苏省名老中医药专家学术经验继承人10人，全国中医临床优秀人才10人，全国中药特色技术传承人才2人，全国中医护理骨干人才3人，江苏省中医药领军人才1人，江苏省“333”工程第三层次培养对象4人，江苏省中医临床优秀人才8人，南通市医学重点培养人才9人，青年医学人才15人。

       医院目前拥有名医工作室5个，分别是国医大师朱良春学术经验传承研究室、邵荣世全国名老中医药专家传承工作室、周光江苏省名老中医药专家传承工作室、倪毓生江苏省名老中医药专家传承工作室、瞿伟江苏省名老中医药专家传承工作室。

       目前，外科为国家卫健委临床重点专科（中医专业）及国家中医药管理局重点专科；脾胃病科为国家中医药管理局重点专科建设单位；中医外科学和中医脾胃病学为江苏省中医药重点学科；脾胃病科、骨伤科、妇科，肺病科、肾病科为省重点专科。另有15个市级重点专科。